La estructura organizacional del Directorio de Transporte Público Metropolitano, cuenta con una Secretaría Técnica, 6 Gerencias y 4 Coordinaciones, las que reportan  directamente a la Directora. La plantilla profesional de la DTPM aborda un trabajo multidisciplinario, a través del aporte de distintas especialidades, de las Ciencias y Humanidades.

El Directorio cuenta con profesionales como ingenieros, abogados, periodistas, arquitectos, geógrafos, contadores y profesionales de otras áreas del conocimiento, además de técnicos y administrativos.

La descripción de las Gerencias y Coordinaciones del Directorio de Transporte Público Metropolitano es la siguiente: 

La Gerencia de Planificación e Infraestructura es responsable de la planificación operativa del sistema que considera la evaluación de planes, proyectos, estudios e iniciativas de Transporte Público Metropolitano que mejoren la movilidad de los usuarios. Además, es la encargada del desarrollo, coordinación e implementación de las diversas iniciativas de inversión en el marco del plan maestro de infraestructura de Transporte Público Metropolitano que tiene por objetivo una mejor experiencia de viaje.

La Gerencia de Operaciones y Mantenimiento, es la encargada de monitorear y controlar la operación diaria de los buses, así como de la correcta ejecución de los planes de mantenimiento de estos. Además, realiza una labor de supervisión permanente de los servicios de Transporte Público Metropolitano, llevando a cabo tareas de coordinación, gestión y análisis, para asegurar un buen desempeño del sistema.

La Gerencia de Usuarios es responsable de definir, implementar y ejecutar las estrategias de información, difusión, educación y atención del Sistema de Transporte Público Metropolitano, con el objetivo de avanzar en la mejora constante de la experiencia de los usuarios.

La Gerencia de Finanzas y Control de Gestión es responsable de la gestión financiera del Sistema de Transporte Público Metropolitano, las solicitudes de aportes estatales y la ejecución de pagos a los distintos actores, la proyección financiera y revisión de los equilibrios económicos de los prestadores de servicio de transporte y complementarios del sistema. Además, actúa como contraparte del panel de expertos de tarifas y desarrolla herramientas de control de gestión de las distintas áreas de operación del servicio.

La Gerencia de Administración y Personas es la encargada de la gestión de los procesos de presupuesto, pago y contratación de bienes y servicios, así como también de la administración y gestión de las personas que trabajan en el Directorio de Transporte Público Metropolitano. Desde esta Gerencia también se lidera el proceso de desarrollo organizacional, las comunicaciones internas y la gestión de los servicios generales.

La Gerencia de Sistemas Inteligentes de Transporte propone y lidera los proyectos y acciones tecnológicos para ser implementadas en el Sistema de Transporte Público Metropolitano. Esta Gerencia es contraparte técnica de los contratos de servicios complementarios y tecnológicos que requiere el Sistema, que son contratados por el Directorio de Transporte Público Metropolitano. Además, es garante del desarrollo de diversos proyectos TIC y de la continuidad operativa de los redes y almacenamiento que requiere la organización.

La Coordinación Legal presta soporte jurídico al Directorio de Transporte Público Metropolitano, para asegurar que sus actuaciones se ajusten a la normativa vigente; fiscaliza el cumplimiento de las leyes, reglamentos y contratos del Sistema; vela por la legalidad de los procesos de contratación administrativa y de información y transparencia, cumpliendo un rol articulador de los procesos generados en el Directorio de Transporte Público Metropolitano.

La Coordinación de Vinculación es la encargada de facilitar la gestión del Director de Transporte Público Metropolitano, coordinando la agenda estratégica con actores claves relevantes del Sistema; Además de generar contenido específico, apoya en el monitoreo de los estados de gestión y los principales resultados de las gerencias, así como también en la toma de decisiones del Directorio de Transporte Público Metropolitano.

La Coordinación de Comunicaciones es la encargada de asesorar al Director del Directorio de Transporte Público Metropolitano en materias comunicacionales frente a los temas que involucre al sistema.  Además de generar, comunicar, difundir y distribuir información para los medios, plataformas digitales, usuarios, y miembros del Transantiago, tiene por objetivo informar sobre los trabajos y avances que se están desarrollando constantemente. Generando un vínculo de oportunidades de comunicación para el Directorio de Transporte Público Metropolitano y el Ministerio de Transporte y Telecomunicaciones.

La Coordinación de Gestión de Contratos se encarga del cumplimiento integral y de coherencia de los contratos y convenios con los proveedores de servicio de transporte, controlando y gestionando un análisis estratégico al sistema integrado (buses urbanos, metro, tren y otros eventuales modos de transporte futuros), desde la perspectiva técnica, operacional, servicio, económica y administrativa.