La estructura organizacional del Directorio de Transporte Público Metropolitano cuenta con una Secretaría Técnica, 10 Gerencias y 2 Coordinaciones, las que reportan directamente a la Directora. La plantilla profesional del DTPM aborda un trabajo multidisciplinario, a través del aporte de distintas especialidades de las Ciencias y Humanidades.

El Directorio cuenta con profesionales como ingenieros, abogados, periodistas, arquitectos, geógrafos, contadores y profesionales de otras áreas del conocimiento, además de técnicos y administrativos.

La descripción de las Gerencias y Coordinaciones del Directorio de Transporte Público Metropolitano es la siguiente: 

Gerencia de Estrategia y Gestión Contractual:
Se divide en dos áreas: Contratos y Estrategia. La primera se encarga de coordinar y velar por la ejecución y cumplimiento de los contratos de Concesión de Uso de Vías, Condiciones de Operación y de los convenios con Metro y EFE. La segunda se centra en el monitoreo y análisis del Sistema, apoyando la planificación e implementación de proyectos estratégicos del Directorio para asegurar la eficiencia y continuidad de este. Además, administra los contratos de Suministro de buses, el levantamiento de indicadores de calidad y la cartera de proyectos con Desarrollo País.

Gerencia Legal:
Tiene por función asegurar el cumplimiento del principio de legalidad de los actos administrativos del programa y prestar asesoría legal en materia de licitación de vías y de servicios complementarios; contratos de concesión o condiciones de operación de vías y servicios complementarios; procedimientos sancionatorios, compras públicas, solicitudes de información y requerimientos de otras entidades, entre otras, en correspondencia con el lineamiento de la División Legal de la Subsecretaría de Transportes y la normativa vigente.

Gerencia de Movilidad e Infraestructura:
Tiene por objetivo gestionar, diseñar e implementar iniciativas que permitan la mejora de la experiencia de viaje de las personas usuarias del Sistema de Transporte Público, a través de la generación, renovación y conservación de la infraestructura integral. Además, desarrolla y gestiona iniciativas de inversión de infraestructura para el Sistema y coadyuva con el diseño, gestión, control y evaluación del Plan Maestro de infraestructura, relacionado con puntos de paradas, medidas de gestión y conservación, ejes de movilidad, integración de modos, depósitos y terminales, entre otras iniciativas.

Gerencia de Planificación:
Su objetivo es planificar la operación del Sistema con el fin de mejorar la experiencia de viaje de las personas usuarias, sujetándose a las definiciones estratégicas del Directorio de Transporte Público Metropolitano. Entre otras labores, define las metodologías para la extracción y análisis de información del Sistema de Transporte Público Metropolitano que permitan la evaluación de la oferta/demanda, velocidades, entre otras variables, en el marco de los instrumentos que autorizan el uso de vías. En adición, evalúa técnicamente y define planes de operación considerando los requerimientos ciudadanos y municipales, en el marco de las regulaciones, requerimientos de operadores, definiciones del Directorio y autoridades del Servicio.

Gerencia de Operaciones y Mantenimiento:
Lidera el monitoreo y control operacional y vehicular del Sistema, abarcando la detección, análisis, respuesta y resolución de incidentes y contingencias. También coordina y articula acciones para el diagnóstico y supervisión del cumplimiento de la planificación operacional y del mantenimiento de la flota, con el objeto de garantizar el adecuado funcionamiento de los servicios. Además, genera información clave sobre la operación, contribuyendo a la gestión de los contratos y la toma de decisiones y desarrolla estrategias enfocadas en promover la eficiencia y sostenibilidad del Sistema, con un énfasis particular en el seguimiento y análisis de los impactos de la electromovilidad en diversos ámbitos.

Gerencia de Vinculación Ciudadana:
Tiene por objetivo establecer, planificar y organizar la ejecución de las acciones estratégicas de atención, comunicación, información, difusión y educación, incorporando la perspectiva de las personas usuarias al interior del Directorio de Transporte Público Metropolitano, transversalizando la perspectiva de género y movilidades diversas, promoviendo la vinculación con distintos actores relevantes de la ciudadanía y los territorios en los que tiene cobertura el Sistema, mediante la generación de instancias de participación ciudadana que permitan la vinculación directa con la comunidad, con el fin de informar y recibir retroalimentación de la ciudadanía.

Gerencia de Finanzas y Análisis Económico:
Tiene por función realizar la planificación, gestión y control financiero del Sistema, llevando el control de gestión de los indicadores globales del Sistema y la gestión de acciones para el aseguramiento de la recaudación, en coordinación con contrapartes del Ministerio de Transportes y Telecomunicaciones y otros entes del Estado, velando por el cumplimiento de los principios de la Administración del Estado. Lo anterior se ejecuta, entre otras acciones, mediante el control de la gestión financiera del Sistema, el cumplimiento de la programación de ingresos, pagos, descuentos y subsidios asociados.

Gerencia de Sistemas Inteligentes de Transportes:
Coordina y ejecuta estrategias relacionadas a la implementación, mantenimiento, desarrollo, modernización y mejora continua de los Sistemas Inteligentes de Transporte que sustentan el funcionamiento del Sistema de Transporte Público. Entre sus principales responsabilidades se encuentran la definición estratégica de los servicios tecnológicos necesarios para la operación del Sistema y del Directorio, y el liderazgo de la relación con los proveedores nacionales e internacionales de estos servicios, supervisando y monitoreando el cumplimiento de los acuerdos y estándares establecidos. Adicionalmente, fomenta la adopción de tecnologías de vanguardia, con estándar internacional, garantizando la integración de los diferentes componentes tecnológicos, facilitando y habilitando servicios y datos a las distintas áreas del Directorio, consolidando un sistema tecnológico robusto, eficiente y alineado con las diversas necesidades de movilidad de las personas usuarias.

Gerencia de Administración de Personas:
Su función es gestionar y administrar recursos humanos, físicos y financieros del DTPM, a través de la gestión de los procesos de personas, la organización y control de la ejecución de los procedimientos relacionados con la gestión financiera y presupuestaria (presupuesto, compras y pagos), control de gestión y servicios generales; asegurando la mantención y promoción de buenas prácticas laborales y los servicios necesarios para su funcionamiento.

Gerencia de Proyectos, Desarrollo e Innovación:
Tiene por objetivos, liderar la elaboración de planes de acción para el desarrollo y difusión de nuevos procesos licitatorios de vías, provisión de flota y otros servicios complementarios que requiera el Sistema de Transporte Público Metropolitano; impulsar proyectos que permitan incorporar innovaciones en la operación del Servicio de Transporte Público de la Ciudad de Santiago y generar mecanismos que permitan disminuir la evasión en el Sistema de Transporte Público.

Coordinación de Comunicaciones:
Su objetivo es ejecutar los lineamientos del Director(a) de Transporte Público Metropolitano, Autoridades del Ministerio y la Subsecretaría de Transportes en materia comunicacional, para dar a conocer a la ciudadanía planes, programas y estrategias orientadas a garantizar la operación del Sistema. Tiene a su cargo el desarrollo de propuestas de estrategias comunicacionales, acciones y campañas de comunicación y de posicionamiento del Sistema de Transporte Público Metropolitano ante la ciudadanía. Asimismo, planificar y establecer relacionamiento con los medios de comunicación, realización de pautas, generación de contenidos, material audiovisual y difusión en redes sociales, en pro de destacar los avances y funcionamiento de Red Movilidad.

Coordinación Institucional Estratégica:
A cargo de desarrollar y mantener las relaciones institucionales con actores del Sistema y colabora a la Secretaría Ejecutiva en la coordinación interinstitucional. Dentro de sus labores está la elaboración de la planificación estratégica atendiendo los objetivos a largo plazo de la institución y analizando el contexto nacional y regional, y coyunturas que puedan afectar a las actividades de la organización.